Comme il semble y avoir trop de réponse dans stackoverflow pour ce problème, et qu'aucune n'est vraiment clair...

Pour remplacer les retours chariot de type Micorsoft Windows / DOS (CR LF) en retour chariot Unix / Linux (LF)

Avec vi :

vi -b fichieramodifier.txt

puis taper

:%s/^M//g

ou ^M est effectué avec Ctrl+V+M

Avec sed :

sed -i s/^M//g backup.sh

ou ^M est effectué avec Ctrl+V+M